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翼龙不是鸟类祖先，原因主要有两点，一是翼龙的飞行方式和翅膀结构与鸟类不同，鸟类都是拍动长有飞羽的翅膀飞行，而翼龙则主要是依靠翼膜和趾骨来进行滑翔。二是翼龙和鸟类的演化支不同，目前已知的最原始鸟类就是始祖鸟，属于蜥形纲下的蜥臀目，是一种小型有羽恐龙，而翼龙则是属于蜥形纲下的翼龙目。
翼龙和鸟类都是能够飞行的鸟颈类主龙动物，但是它们的翅膀结构完全不同，只能说它们都同属于一个双孔纲目，演化出了两个不同的分支，但是并不存在翼龙是鸟类祖先的说法，并且目前为止也没有发现翼膜向着羽毛进化的飞行动物化石证据，但是却发现了不少和始祖鸟非常类似的有羽小型恐龙化石，而这也充分的说明了恐龙和鸟类存在的亲缘关系更近，而翼手龙却不属于恐龙，这就意味着翼龙不是鸟类的祖先。
鸟类的祖先目前有很多的争议和说法，学者们讨论了百年还没有结果，但是目前的主流说法大致可以分为两种，一是恐龙起源说，这主要是根据有羽恐龙化石的发现来判断的，因为鸟类很可能是由小型兽脚有羽恐龙进化而来的。二是爬行类起源说，这一说法认为鸟类很可能是由槽齿类爬行动物演化而来，但是至今依然没有明确的化石证据，毕竟从无羽的冷血动物进化为有羽的温血动物是非常漫长的过程。
不过在爬行类起源说中也曾经有人找到了相关的两块化石，据说当时是美国德州工业大学的一位古生物学家查特吉在波斯特城之中找到了两块渡鸦大小的化石，既具有部分鸟类的特征，也具有少量爬行类的特征，比如它们的颅骨几乎和现代鸟类完全一样，仅喙部的前端长有四颗牙，并且它还长有带指爪的四肢，而这比目前认为的鸟类祖先始祖鸟要早上7500万年。
最终科学家将其称之为原鸟，不过科学并不能这么草率，后来进行了二次研究，耶鲁大学的科学家奥斯特朋认为鸟类骨骼大多比较脆弱，因为是中空的，所以保存的状态不可能这么完好，再加上它的鸟类特征并不是非常相符，所以最终这两块化石也成为了充满争议的部分。
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