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鲸的祖先是巴基兽，它诞生于5000万年前的始新世早期，是一种常年生活于陆地上的哺乳动物，体型相当于现代的狐狸大小，外形酷似狗，主要以肉类为食，性情非常的凶猛，科学家认为是环境发现了巨变，这才使得巴基兽开始迁徙到水中，并且进化出鱼鳍状四肢，最终演化为鱼的样子。
根据鲸鱼的祖先进化图可以知道，最初是巴基兽生活于靠近水源的陆地上，但是之后由于环境剧变或者水中的食物更加丰富等外部原因导致它被迫下水获取食物，最终开始常年穿梭于陆地和海洋之间，因而为了适应水中的行动，从而导致它的四肢退化。
最终在经过数千年的时间，巴基兽终于告别了它生存已久的陆地，完全的投身于海洋之中，而四肢也就完全的变为了鱼鳍状，彻底的演化为一种外表像鱼的哺乳类动物，甚至还出现了分化，一部分演化为现代的海豚，而另一部分体型较大的则变为了目前世界上体型最庞大的哺乳动物-鲸鱼，但是它们使用肺部呼吸的结构并没有进化为鳃，而是依靠着时不时的跃出水面来解决。
巴基兽之所以被认为是鲸鱼的祖先，其实和它化石中的某些结构有关，科学家曾经对比了鲸鱼和巴基兽的化石，最终发现它们虽然外形像现代的犬类，但是它们的耳朵部分长有几块特殊的骨骼，和现代的鲸鱼几乎是相差无几的，并且位置也一样，这也就意味着它和鲸鱼一样，内耳部分都无法适应深处的水压，需要经常上水面呼吸。
所以巴基兽很可能早期就是和哺乳类生活在同一地区的，最终经过较长的时间才逐渐让尾巴和四肢变为了鳍状，最终完全退化成鱼的样子，但身体内部依然保留着哺乳动物的特性，比如胎生，体温恒定等，像是鳍脚目下的海狮、海豹等甚至需要经常上岸进行繁殖和生活。
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